Članstvo u mrežama jača evropske istraživačke institucije i doprinosi razvoju međunarodnog profila institucije. Univerzitet u Sarajevu je član brojnih mreža.
- Evropska asocijacija univerziteta (EUA)
- Dunavska rektorska konferencija (DRC)
- Globalna univerzitetska mreža za inovacije (GUNI)
- Euromediteranski univerzitet (EMUNI)
- Mreža univerziteta jadransko-jonske regije (UniAdrion)
- Univerziteti povezani Jadranskim morem (ALUm)
- Konzorcij univerziteta Afrike i Mediterana (CUAM)
- Agencija frankofonih univerziteta (AUF)
- Rektorska konferencija Alpen-Adria (AARC)
- Balkanska asocijacija univerziteta (BUA)
- Santander Grupa univerziteta u Evropi (SGroup)
- Mreža univerziteta iz glavnih gradova Evrope (UNICA)
Pored članstva na nivou univerziteta, mnoge članice UNSA su članovi mreža uglanvom specijaliziranih za studijska polja iz njihovog domena:
| Centar za interdisciplinarne studije | Globalni kampus ljudskih prava |
| Ekonomski fakultet | Udruženje za unapređivanje kolegijalnih škola poslovanja (AACSB) |
| Ekonomski fakultet | Fondacija za razvoj menadžmenta „Europea“ (EFMD) |
| Ekonomski fakultet | Evropska mreža za akademski integritet (ENAI) |
| Fakultet političkih nauka | Evropska asocijacija škola za socijalni rad (EASSW) |
| Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju | Međunarodni centar za genetički inženjering i biotehnologiju (ICGEB) |
| Mašinski fakultet | Hrvatsko društvo za goriva i maziva |
| Mašinski fakultet | Udruženje inženjera automatike (SAE) |
| Muzička akademija | Evropsko udruženje muzičkih konzervatorija, akademija i škola (AEC) |
| Muzička akademija | CEMAN mreža |
| Poljoprivredno-prehrambeni fakultet | Asocijacija fakulteta poljoprivrednih fakulteta Jugoistočne Evrope |
| Pravni fakultet | Pravne škole Jugoistočne Evrope (SEELS) |
| Pravni fakultet | Institut evropskog prava (ELI) |
| Stomatološki fakultet | Mreža stomatološkog programa zasnovanog na Erasmusu (NEBEOP) |
| Šumarski fakultet | Evropska istraživačka grupa (EVOLTREE) |
| Veterinarski fakultet | Evropska asocijacija za uspostavljanje veterinarskog obrazovanja (EAEVE) |
| Veterinarski fakultet | Veterinarska mreža za razmjenu studenata i osoblja (VETNEST) |
| Veterinarski fakultet | Mreža institucija za veterinarsko obrazovanje zemalja oko Sredozemlja (REEV-Med) |